Inicia labores primeramente en el Plantel Sor Juana Inés de la Cruz de la Escuela Preparatoria el 17 de septiembre de 1986, siendo así, la primera Unidad Académica Profesional del Valle de México.

El estudio de la región para el desarrollo profesional determinó que en la UAEM UAPA se ofertaran las licenciaturas de Ciencias Políticas y Administración Pública, Ingeniero Agrónomo en Producción, Letras Latinoamericanas, Medicina Veterinaria y Zootecnia y Nutrición.

A Finales del 1993 y los primeros meses de 1994, tras el fallecimiento del Químico Jose Constantino Herrera Alcantara, hay un cambio en la coordinación general.

M.V.Z. José Mendoza Becerril  1993 - 1994

Uno de los cambios importantes en esta etapa fue la creación del Departamento de Difusión Cultural, el Departamento de Vinculación y el Departamento de Titulación. Anteriormente los estudiantes debían realizar los trámites de titulación en las respectivas Facultades, lo que implicaba obstáculos para obtener su título. Este nuevo departamento fue sustentado con un Reglamento Interno de titulación, el cual permitió unificar criterios, pues mientras en algunas licenciaturas sólo podía recibirse asesoría de profesores definitivos y los sinodales debían poseer también esta categoría, había licenciaturas en las que incluso docentes sin ser definitivos ni tener el perfil profesional podían asesorar.

Además de los citados departamentos, también se crearon el Departamento de Fomento a las Actividades Deportivas y el Departamento de Cómputo, gracias al cual se desarrolló la primera Sala de Cómputo en la institución. Cabe señalar que este departamento ha evolucionado en sus funciones y actualmente se denomina Departamento de Tecnologías de la Información y la Comunicación, ya que no se limita a administrar las cinco salas de cómputo, sino también las aulas digitales y proporcionar mantenimiento a los pizarrones inteligentes.

En 1997 se construyeron la tercera planta del edificio B, así como la planta alta tanto del edificio A como del C, además de la construcción del Auditorio en el edificio A y el estacionamiento. Esta ampliación permitió mejorar los servicios educativos del Centro Universitario, ya que se contó con aulas suficientes para todos los estudiantes, así como cubículos para los docentes de carrera.

M. en E.S. Narciso Campero Garcnica 2005 -2013

En el Año 2005 es nombrado Coordinador General el M. en E.S. Narciso Campero Garcnica,
En 2006 se construyó el Edificio de Auto-acceso, el cual permite proporcionar a los estudiantes servicios de biblioteca especializada en inglés, materiales audiovisuales y equipo de cómputo para el aprendizaje de este idioma.

Uno de los cambios más trascendentales de nuestro espacio académico en el aspecto administrativo fue cuando se produjo la transformación de la Unidad Académica Profesional Amecameca en el Centro Universitario UAEM Amecameca.
El Acuerdo del H. Consejo Universitario del 30 de marzo de 2006 determinó que las Unidades Académicas Profesionales se transformaran en Centros Universitarios, lo cual significó que a partir de entonces se contara con Órganos Colegiados para participar de manera fundamental en la conducción de los nuevos Centros.
Esto tráe consigo que se nombre al Mtro. NArciso Campero como encargado del Despacho de la Direccion del Centro Universitario UAEM Amecameca.
En virtud de dicho acuerdo, se procedió a la integración de los Consejos Académico y de Gobierno hecho de gran trascendencia para nuestro espacio universitario, porque le permitió dotarse de órganos para desarrollar de manera colegiada la toma de decisiones y fundamentar las acciones académicas y administrativas para su correcto funcionamiento.

El 22 de abril de 2013 se entregó el Edificio D, el cual cumple funciones administrativas, ya que es sede de la Dirección del Centro Universitario y las subdirecciones Académica y Administrativa, además del Departamento de Planeación, cubículos para profesores de Tiempo Completo, la Sala de Juicios Orales de la Licenciatura en Derecho, así como el Laboratorio de Dietología, el Taller de Lácteos y el Taller de Cárnicos, asimismo de aulas para los alumnos.

Así también el Hospital VEterinario de Grandes Especies HOVETGE

En 2014 se construyó la Clínica de Animales de Compañía, también conocida como de pequeñas especies.

M. en S.F. y C. Edelia Chávez Rosales 2017 - 2019

 Es electa como Directora, no cumple con su periodo por cuestiones personales dura solo de 2017 a 2019 en el cargo, durante su gestión

El 6 de febrero de 2018 se entrega el Módulo Cultural, edificio donde se han realizado presentaciones teatrales, así como eventos artísticos y culturales de diversa índole, ya que una de las funciones sustantivas de la Universidad es la Difusión Cultural.

En ese mismo año se concluye la construcción del Edificio E, el cual cuenta con 10 aulas y un módulo de sanitarios, gracias a lo cual se ha logrado satisfacer la demanda de espacios para proporcionar servicios educativos a los estudiantes.

Dr. en C.P. y Soc. Miguel Angel Sanchez Ramos 2021 - 2023

En 2021 en Nombrado como Encargado del Despacho de la Dirección el Dr. Miguel Ángel Sánchez Ramos, quien ha dado impulso a uno de los rubros importantes de nuestro espacio académico.

La investigación en el Centro Universitario UAEM Amecameca.

En la actualidad se cuenta con siete Cuerpos Académicos, de los cuales dos están consolidados: Biotecnología Animal y Ciencia Política y Administración Pública. Uno está en proceso de consolidación: Estudios multidisciplinarios sobre Desarrollo Endógeno para la Sustentabilidad Territorial. Y cuatro en formación: Literatura, Lengua y Cultura de América Latina; Nutrición Humana, Educación y Salud Colectiva; Investigación Aplicada en Producción Animal y Eco Desarrollo Territorial; y Comportamiento y Bienestar Animal.

Durante su gestión se hace entrega del edificio del Gimnasio Escolar, el cual es un espacio de salud y esparcimiento para nuestros estudiantes.