En el marco de la primera etapa de desconcentración, el Consejo Universitario aprobaría la creación de la UAEM UAPA (Unidad Académica Profesional Amecameca) en 1985 y se colocaría la primera piedra de nuestro espacio el 21 de octubre del mismo año.

Se recibirían los edificios A, B y C.
El Edificio A albergaría las oficinas administrativas, cubículos de profesores y la biblioteca; por su parte, los edificios B y C serían destinados para aulas y laboratorios.

A Finales del año 1993 y los primeros meses de 1994, el M.V.Z. José Mendoza Becerril ocuparía la Coordinación General de la UAEM UAPA tras el sensible fallecimiento del Químico Jose Constantino Herrera Alcántara.

Uno de los cambios importantes en esta etapa fue la creación del Departamento de Difusión Cultural, el Departamento de Vinculación y el Departamento de Titulación. Anteriormente, los estudiantes debían realizar los trámites de titulación en las respectivas Facultades, lo que implicaba obstáculos burocráticos. Este nuevo departamento fue sustentado con un Reglamento Interno, el cual permitió unificar criterios; pues, mientras en algunas licenciaturas sólo podía recibirse asesoría de profesores definitivos y los sinodales debían poseer también esta categoría, había licenciaturas en las que incluso docentes sin ser definitivos ni tener el perfil profesional podían asesorar a las y los egresados.

Además de los citados departamentos, también se crearon el Departamento de Fomento a las Actividades Deportivas y el Departamento de Cómputo, gracias al cual se inauguró la primera Sala de Cómputo en la institución; cabe señalar que este departamento ha evolucionado en sus funciones y actualmente se denomina como Departamento de Tecnologías de la Información y la Comunicación, ya que no se limita a administrar las cinco salas de cómputo, sino también las aulas digitales.

Se construiría la tercera planta del Edificio B, así como la planta alta tanto del Edificio A como del Edificio C, además del Auditorio Principal al interior del Edificio A y el estacionamiento. Esta ampliación permitió mejorar los servicios educativos del Centro Universitario, ya que se contó con aulas suficientes para todos los estudiantes, así como cubículos para los docentes de carrera.

En el Año 2005, el M. en E.S. Narciso Campero Garnica sería nombrado Coordinador General de la UAEM UAPA.

En 2006 se construiría el Edificio de Auto-acceso, el cual permitiría proporcionar a las y los estudiantes servicios de biblioteca especializada en inglés, materiales audiovisuales y equipo de cómputo para el aprendizaje de este idioma.

El Acuerdo del H. Consejo Universitario del 30 de marzo de 2006 determinaría que las Unidades Académicas Profesionales se transformaran en Centros Universitarios, lo cual significó que a partir de entonces se contara con Órganos Colegiados para participar de manera fundamental en la conducción de los nuevos espacios;
Esto traería consigo el nombramiento del Mtro. Narciso Campero como el primer encargado del Despacho de la Dirección del Centro Universitario UAEM Amecameca.

En virtud de dicho acuerdo, se procedió a la integración de los H.H. Consejos Académico y de Gobierno, hecho de gran trascendencia, ya que esto permitió contar con órganos encaminados a desarrollar la toma de decisiones y fundamentar las acciones académicas y administrativas para su correcto funcionamiento dentro del Centro Universitario UAEM Amecameca.

El 22 de abril de 2013 se haría la entrega del Edificio D, el cual ahora cumpliría funciones administrativas, siendo la sede de la Dirección del Centro Universitario y las subdirecciones Académica y Administrativa; además del Departamento de Planeación, cubículos para profesores de Tiempo Completo, la Sala de Juicios Orales de la Licenciatura en Derecho y el Laboratorio de Dietología, el Taller de Lácteos y el Taller de Cárnicos; además de contar con nuevas aulas.

Por otro lado, también sería inaugurado el Hospital Veterinario de Grandes Especies (HOVETGE)

En 2014 se construiría la Clínica Veterinaria de Animales de Compañía (CLIVAC), también conocida como "Pequeñas especies" para la comunidad.

La M. en S.F. y C. Edelia Chávez Rosales es electa como Directora. Durante su gestión, el 6 de febrero de 2018 se entregaría el Módulo Cultural, un edificio de naturaleza multidiscplinaria tanto académica como artística.

En ese mismo año se concluiría la construcción del Edificio E, el cual cuenta con 10 aulas y un módulo de sanitarios, gracias a lo cual se ha lograría satisfacer la demanda de espacios para proporcionar servicios educativos a la Comunidad Univeritaria.

Cumplida la encomienda del Despacho de la Dirección anterior, en 2021 este nombramiento es otorgado al Dr. Miguel Ángel Sánchez Ramos con el objetivo de impulsar los rubros más importantes del Centro Universitario UAEM Amecameca, en particular, la investigación.

Durante este periodo, el Centro Universitario pudo gestionar y sostener la existencia de siete Cuerpos Académicos, consolidando dos de ellos: Biotecnología Animal y Ciencia Política y Administración Pública; además de encaminar a su consolidación al CA de Estudios multidisciplinarios sobre Desarrollo Endógeno para la Sustentabilidad Territorial y la formación de cuatro más: Literatura, Lengua y Cultura de América Latina; Nutrición Humana, Educación y Salud Colectiva; Investigación Aplicada en Producción Animal y Eco Desarrollo Territorial y Comportamiento y Bienestar Animal.

Durante esta etapa se haría la entrega del edificio del Gimnasio Escolar, un espacio de salud y esparcimiento para toda la Comunidad Universitaria.

A principios de 2024, con la llegada de nuevas elecciones, la Dra. Linda Guiliana Bautista Gómez fungiría como Encargada del Despacho de la Dirección en un momento de reorganización y reunificación dentro del Centro Universitario UAEM Amecameca.